Логика случая

Вирусы, содержащие различные формы нуклеиновых кислот, распределены по таксонам хозяев не равномерным и не случайным образом. В частности, необычайное разнообразие содержащих дцДНК бактериофагов и вирусов архей находится в разительном контрасте с отсутствием дцДНК-вирусов у растений. РНК-вирусы, напротив, чрезвычайно распространены и разнообразны у растений и животных, но среди бактерий на данный момент представлены лишь двумя небольшими семействами и до сих пор не обнаружены у архей[103] (см. рис. 10-1). В некоторых случаях биологическая подоплека характерного спектра хозяев вируса совершенно ясна. Например, в растениях крупные вирусы столкнулись бы с серьезными проблемами с межклеточным распространением, так как плазмодесмы (каналы, соединяющие окруженные клеточной стенкой клетки растений) непроницаемы для больших частиц и даже больших молекул ДНК. Однако в большинстве случаев причины предпочтительного распределения вирусов среди тех или иных групп хозяев остаются неизвестными. Например, сложно сказать, почему РНК-вирусы столь распространены среди растений и животных, но не среди прокариот; далее в этой главе мы вернемся к рассмотрению этого вопроса с другой, эволюционной позиции.

Метагеномика вирусов, экспериментальная вирусология, агенты переноса генов и повсеместное распространение вирусов

Вирусы – вездесущие спутники клеточных форм жизни: при более-менее детальном изучении любой клеточный организм оказывается населенным вирусами. У тех организмов – таких как нематоды, – у которых настоящие вирусы пока не были открыты, в геном встроены многочисленные мобильные элементы[104].

С недавних пор изучение виромов (всего множества вирусов, обнаруживаемых в данной среде обитания) стало областью науки, испытывающей бурное развитие (Edwards and Rohwer, 2005; Kristensen et al., 2010). Выделение вирома – методически довольно незамысловатая операция, так как вирусные частицы (по крайней мере подавляющее большинство, исключая, возможно, их гигантские разновидности) проходят сквозь фильтры, непроницаемые даже для мельчайших клеток. Так что достаточно просто собрать частицы в фильтрате и анализировать состав. Изучение виромов принесло большие неожиданности. Первой оказалась сама концентрация вирусных частиц. Поразительно, но по крайней мере в морской среде вирусы (прежде всего бактериофаги) оказались наиболее распространенной из биологических форм, причем в совокупности количество вирусных частиц превосходит количество клеток по меньшей мере на порядок. Это не вполне корректный способ сравнения, так как одна инфицированная вирусом клетка способна продуцировать сотни вирусных частиц, и тем не менее такие данные показывают, что вирусы исключительно широко распространены и активны в окружающей среде. Сейчас вирусы рассматривают в качестве крупных геохимических действующих сил, так как уничтожение вирусами микроорганизмов оказывает сильное влияние на формирование органического осадка (Suttle, 2007, 2005). Вторая крупная неожиданность – это огромное генетическое разнообразие виромов, а также их непредвиденная генетическая композиция. Набор генов в ДНК-вироме резко отличается от набора генов известных бактериофагов. Виром в основном состоит из редких и уникальных генов, для которых не удается найти и подобрать гомологичных последовательностей в имеющихся базах данных. Хотя гены, специфичные для бактериофагов, встречаются в виромах чаще, чем в микробиомах, они представляют ничтожное меньшинство; большинство генов, для которых обнаружены гомологи, представляются случайным набором бактериальных генов. Исключив возможность массивной контаминации, которая, учитывая тщательно разработанные протоколы, используемые для выделения виромов, маловероятна, мы приходим к выводу, что в виромах в основном представлены не обычные вирусы, а некие другие биологические объекты (Khristensen et al., 2010).