Логика случая

[101] В случае эгоистичных элементов не вполне очевидно, какую форму агент-специфической нуклеиновой кислоты следует обозначать как геномную. Для полноценных вирусов геном традиционно – и разумно – определен как инкапсидированная форма (включенная в капсид и вирион), служащая поэтому в качестве распространяемого генома. Для лишенных капсида генетических элементов определение дать труднее, но все еще имеет смысл предложить считать геномом инфекционную форму, в тех случаях, когда таковая есть.

[102] Мой общий подход в этой книге заключается в том, чтобы переносить все мои личные воспоминания и ассоциации в эти примечания. Пусть это будет единственным исключением – его предмет слишком важен для меня лично и может представлять некоторый интерес и для других.

[103] Геном (+)РНК-вируса, лишь отдаленно родственного известным вирусам этого класса, был обнаружен в горячих источниках, заселенных почти исключительно археями, в результате метагеномного анализа. Однако для идентификации природного хозяина этого вируса еще требуется большая экспериментальная работа.

[104] Как нетрудно было ожидать, совсем недавно у нематод были обнаружены и вполне типичные вирусы (F e?lix MA, Ashe A, Piffaretti J, Wu G, Nuez I, B e?licard T, Jiang Y, Zhao G, Franz CJ, Goldstein LD, Sanroman M, Miska EA, Wang D. Natural and experimental infection of Caenorhabditis nematodes by novel viruses related to nodaviruses. PLoS Biol. 2011 Jan 25;9(1):e1000586; Franz CJ, Zhao G, Fйlix MA, Wang D. Complete genome sequence of Le Blanc virus, a third Caenorhabditis nematodeinfecting virus. J Virol. 2012 Nov;86(21):1194).

[105] За не столь долгое время, прошедшее с момента сдачи в набор оригинала этой книги, анализ метагеномов принес немало новых открытий, пожалуй, еще более удивительных, чем описанные здесь. За последний год или два стало рутиной собирать полные вирусные геномы из метагеномных последовательностей. Для некоторых семейств вирусов эти виртуальные геномы уже перекрывают разнообразие, открытое стандартными методами. Так, исключительно путем исследования метагеномов было обнаружено разнообразие геномов оцДНК бактериофагов, о котором до этого не подозревали (Roux S, Krupovic M, Poulet A, Debroas D, Enault F. Evolution and diversity of the Microviridae viral family through a collection of 81 new complete genomes assembled from virome reads. PLoS One. 2012;7(7):e40418). Сходным образом, к трем известным геномам вирофагов (см. ниже) было добавлено пять новых геномов, собранных из метагеномных библиотек (Zhou J, Zhang W, Yan S, Xiao J, Zhang Y, Li B, Pan Y, Wang Y. Diversity of virophages in metagenomic data sets. J Virol. 2013 Apr;87(8):4225-36). Сообщается и об открытии принципиально новых типов вирусных геномов, таких как, например, гибрид оцДНК и оцРНК вирусов (Diemer GS, Stedman KM. A novel virus genome discovered in an extreme environment suggests recombination between unrelated groups of RNA and DNA viruses. Biol Direct. 2012 Jun 11;7:13). Эти исследования не просто приводят к открытию новых групп вирусов, но меняют саму парадигму вирусологии: если традиционно вирус изолировали из организма хозяина, а затем определяли последовательность генома, то теперь накапливается все больше разнообразных геномов «в поисках вирусов и хозяев». Представляется вероятным, что в скором времени такие геномы будут составлять основу наших знаний о вирусах.